În 2015, Organizația de Securitate Chaldea apelează la experți atât din domeniul magic, cât și din cel lumesc, pentru a monitoriza viitorul omenirii în vederea unor posibile evenimente de extincție. Supraviețuirea umanității pare asigurată pentru următorul secol — până când verdictul se schimbă brusc, iar eradicarea speciei așteaptă acum la sfârșitul anului 2016. Cauza este necunoscută, dar pare să aibă legătură cu orașul japonez Fuyuki și cu evenimentele din 2004, din timpul celui de-al Cincilea Război al Sfântului Graal.
Ca răspuns, Chaldea utilizează o metodă experimentală de călătorie în timp: tehnologia Rayshift. Cu ajutorul acesteia, Ritsuka Fujimaru, un tânăr proaspăt recrutat în organizație, și misterioasa Mash Kyrielight se pot întoarce în anul 2004 pentru a descoperi cum să salveze omenirea. A fost declarat un ordin suprem de luptă împotriva destinului — un ordin de a schimba trecutul și de a restaura viitorul.
